文部科学省が科学技術や理科・数学教育を重点的に行う高校を指定する制度のことである。SSHと略記される。2002年（平成14年）度に構造改革特別要求として約7億円の予算が配分され、開始された。
目的は「高等学校及び中高一貫教育校における理科・数学に重点を置いたカリキュラムの開発、大学や研究機関等との効果的な連携方策についての研究を推進し、将来有為な科学技術系人材の育成に資する」とされている。
【年度ごとの指定校数】
2002年（平成14年）度 - 26校
2003年（平成15年）度 - 26校
2004年（平成16年）度 - 20校
2005年（平成17年）度 - 22校
2006年（平成18年）度 - 31校
2008年（平成20年）度 - 13校
2009年（平成21年）度 - 9校
2010年（平成22年）度 - 36校
2011年（平成23年）度 - 38校
2012年（平成24年）度 - 73校
2013年（平成25年）度 - 43校
2014年（平成26年）度 - 9校
2015年（平成27年）度 - 25校
2016年（平成28年）度 - 24校
2017年（平成29年）度 - 77校
開発型：13校（公立11校、私立2校）、実践型：64校（国立2校、公立56校、私立6校）
2018年（平成30年）度 - 49校
開発型：15校（公立12校、私立3校）、実践型：34校（国立1校、公立2）
2019年度（平成31年度）- 32校
開発型：14校（国立1校、公立13校）、実践型：18校（国立1校、公立13校、私立4校）
2020年度（令和2年度）- 28校
開発型：9校（国立1校、公立8校）、実践型：17校（国立1校、公立16校）、先導的改革型：2校（公立1校、私立1校）
2021年度（令和3年度）= 211校
開発型・実践型：20校（公立18校、私立2校）、先導的改革型：1校（公立1校）
2022年度（令和4年度）- 62校
開発型・実践型：57校（公立55校、私立2校）、先導的改革型：5校（公立5校）、認定枠：5校（国立1校、公立4校）：5校
※開発型：新規性のあるカリキュラム等の研究開発を行うもの。
※実践型：過去にも指定を受けている学校が、今までに開発してきた教育課程等の実践的な研究開発を実施するもの。
※先導的改革型：科学技術人材育成におけるシステム上の課題を自ら設定し、当該課題に挑戦する意欲的な研究開発を実施するもの。過去4回の指定実績が必要。
※認定枠：科学技術人材育成の全国的なモデルとしてこれまでの研究開発の成果を基にした多様な実践活動を展開・普及（指定期間5年）
○指定校の選考においては研究内容・方法、研究計画、研究体制、評価方法・計画等が整っているかを中心に企画評価協力者（学識経験者等）が書面及びヒアリングにより審査査する（認定枠は書面のみ）。
